Een school kiest voor één toetsaanbieder. Alle leerlingen van die school maken dan in het voorjaar dezelfde toets. Maar binnen een schoolbestuur hoeven niet alle scholen voor dezelfde toets te kiezen.
Voor leerlingen met een ondersteuningsbehoefte zijn er aangepaste toetsen, maar dat verschilt per doorstroomtoets. De toetsaanbieders kunnen ook naar een andere toets doorverwijzen. Het kan dus voorkomen dat een school een andere doorstroomtoets kiest voor de leerlingen met een ondersteuningsbehoefte.